Licencia médica en Chile: plazos, quién paga y cómo registrarla

Una licencia médica en Chile mueve a tres actores: el trabajador que la entrega, el empleador que la tramita y el organismo que la autoriza y paga el subsidio. Cada uno tiene un plazo, y cuando el empleador se atrasa puede terminar pagando de su bolsillo. Para el área de personas, además, hay una tarea más básica: que el día de licencia quede registrado como ausencia justificada y no como falta en el reloj control.

¿Quién paga la licencia médica?

Durante la licencia el trabajador no recibe remuneración del empleador, sino un subsidio por incapacidad laboral (SIL). Quién lo paga depende de su sistema de salud:

El empleador no decide si la licencia procede: su papel es recibirla, completar los datos que le corresponden y enviarla dentro del plazo. Algunas empresas pagan voluntariamente los días que el subsidio no cubre; eso depende del contrato, el reglamento interno o un convenio colectivo.

Los montos del subsidio, su base de cálculo y los topes los fija la normativa de seguridad social y los informa la Superintendencia de Seguridad Social; no los detallamos aquí. Para tu caso, consulta con tu asesor laboral o con el organismo pagador.

¿Qué es la carencia de tres días?

El artículo 14 del DFL 44 de 1978 dice que el subsidio se devenga desde el primer día de la licencia si ésta es superior a diez días, o desde el cuarto día si es igual o inferior a ese plazo. Esos tres primeros días sin subsidio son la carencia.

La Superintendencia de Seguridad Social ha dictaminado que las licencias continuas por la misma patología se suman para ver si se supera el límite de diez días; las de patologías distintas se miran por separado. Por eso una licencia de 7 días seguida de una prórroga de 5 por la misma causa termina pagándose completa.

¿Cuáles son los plazos de presentación?

Según el Compendio de licencias médicas de la Superintendencia de Seguridad Social y la Dirección del Trabajo, sobre la base del DS 3 de 1984 del Ministerio de Salud:

Si el último día del plazo cae en sábado, se corre al día hábil siguiente, salvo que las oficinas del empleador funcionen ese día y reciban documentos. En la licencia electrónica, el plazo del empleador corre desde el día hábil subsiguiente a aquel en que la licencia quedó disponible en el sistema.

Si el empleador no la tramita a tiempo, el organismo pagador debe recuperar de él lo que pagó como subsidio. Y si el trabajador la entrega fuera de plazo, la COMPIN o la Isapre pueden aceptarla sólo si el atraso se debió a fuerza mayor o caso fortuito y se presentó dentro del período de reposo.

El Compendio fue modificado en esta materia por la Circular 3.896 de la Superintendencia, del 13 de noviembre de 2025. Antes de cambiar tu procedimiento interno, revisa la versión vigente del Compendio.

¿Cómo registrar la ausencia en el reloj control?

El artículo 33 del Código del Trabajo obliga al empleador a controlar la asistencia y determinar las horas trabajadas. Un día de licencia no tiene marcaciones, así que el registro debe explicar por qué. Lo práctico:

1. Registra la licencia como ausencia justificada con su fecha de inicio, número de días y folio. Así el día no aparece como falta ni genera descuento.
2. Guarda la fecha de recepción. Es la que inicia tus tres días hábiles para tramitar; si llega por correo o por la plataforma electrónica, anota el día y la hora.
3. Cruza las licencias con las marcaciones. Si alguien marca entrada durante su reposo, hay que revisarlo antes de que alguien lo use en contra de la empresa o del trabajador.
4. Separa licencias y faltas en los reportes. Mezclarlas distorsiona los indicadores de ausentismo. Para medir el costo real puedes usar la guía para calcular el costo del ausentismo.

¿Afecta la gratificación o la semana corrida?

Puede afectar, porque ambas se calculan sobre remuneraciones y los días de licencia se pagan con subsidio, no con remuneración. La forma exacta depende del sistema de gratificación que uses y de cómo se paga la semana corrida en tu empresa, y no la confirmamos aquí: consulta con tu asesor laboral y revisa las notas de gratificación legal y semana corrida.

Cómo ayuda un sistema de asistencia

En Time Dalton registras las ausencias justificadas por colaborador, de modo que el día de licencia no se cuenta como falta, y la bandeja de revisión muestra con foto cualquier marcación hecha durante un período de ausencia. Los reportes separan faltas, tardanzas y ausencias, y se exportan a Excel o por API para tu sistema de remuneraciones. Time Dalton no tramita licencias ante la COMPIN ni la Isapre, ni calcula subsidios o remuneraciones.

El registro oficial de asistencia debe ser un libro, un reloj control con tarjetas o un sistema electrónico autorizado por la Dirección del Trabajo (Resolución Exenta 38). Time Dalton no está autorizado por la DT, así que antes de usarlo la empresa debe revisar ese requisito con su asesor laboral, incluido si un control operativo adicional (turnos, incidencias, reportes) es compatible con el criterio de llevar un solo sistema de registro. Mide el impacto con la calculadora de costo de tardanzas y ausentismo, revisa la página de reloj control en Chile o prueba la demo.