Incapacidades en Colombia: quién paga cada día (empleador, EPS, ARL)

Un auxiliar de bodega manda una foto del certificado médico: cinco días de incapacidad por una gastroenteritis. Para el área de nómina la pregunta inmediata es quién paga cada uno de esos días y cuánto. En Colombia la respuesta depende de dos cosas: el origen de la incapacidad (común o laboral) y el número de días acumulados. Esta guía arma el mapa completo con las normas vigentes a octubre de 2026 y muestra cómo dejar cada día bien marcado en el control de asistencia.

¿Quién paga cada tramo de una incapacidad de origen común?

La incapacidad de origen común es la que viene de una enfermedad general o un accidente que no es de trabajo. El pago se reparte así:

Antes de 2013 el empleador asumía los tres primeros días; el Decreto 2943 los bajó a dos. Sobre el tramo del fondo de pensiones, la Ley 100 dice que la EPS debe emitir el concepto de rehabilitación antes del día 120 y enviarlo antes del día 150; si no lo hace, la EPS paga un subsidio equivalente a la incapacidad hasta que lo emita. Si tienes un caso de incapacidad prolongada, consulta con tu asesor laboral, porque los detalles de cada tramo cambian según el concepto médico.

Requisitos para que la EPS pague

El artículo 2.2.3.3.1 del Decreto 780 de 2016, que agregó el Decreto 1427 de 2022, exige tres condiciones al inicio de la incapacidad:

1. Estar afiliado al sistema de salud como cotizante.
2. Haber cotizado efectivamente al menos cuatro semanas inmediatamente anteriores al inicio de la incapacidad.
3. Tener el certificado expedido por un médico u odontólogo de la red de la EPS, o validado por ella.

La EPS tiene 15 días hábiles para revisar y liquidar la solicitud y 5 días hábiles más para pagar, por transferencia, al aportante (art. 2.2.3.4.3). Si se demora, debe intereses moratorios. Ojo: el empleador no puede descontar de las cotizaciones de salud lo que la EPS le debe por incapacidades (parágrafo del art. 2.2.3.4.3).

¿Cuánto se paga por cada día?

El artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo fija el auxilio por enfermedad no profesional en dos terceras partes del salario durante los primeros 90 días y la mitad del salario desde el día 91 hasta el 180. La Corte Constitucional, en la Sentencia C-543 de 2007, condicionó ese artículo: el auxilio no puede ser inferior al salario mínimo. Si el salario es variable, el artículo 228 manda tomar el promedio del último año de servicio.

Ejemplo con un salario de COP 3.000.000

El salario diario es COP 100.000 (3.000.000 ÷ 30). Las dos terceras partes son COP 66.666,67 por día. Para una incapacidad de 10 días:

Ejemplo con salario mínimo

Con el salario mínimo de 2026, COP 1.750.905, el día vale COP 58.363,50. Las dos terceras partes darían COP 38.909, menos que el mínimo diario, así que por la Sentencia C-543 se paga el día completo: COP 58.363,50. Cinco días de incapacidad equivalen a COP 291.817,50.

Muchas empresas, por convención o política interna, completan el 100 % del salario durante la incapacidad. Eso es válido porque mejora el mínimo legal, pero conviene dejarlo escrito para que la nómina lo aplique igual a todos.

¿Qué cambia si la incapacidad es laboral?

Cuando el origen es un accidente de trabajo o una enfermedad laboral, paga la ARL y las reglas son más generosas. El artículo 3 de la Ley 776 de 2002 establece:

• 100 % del salario base de cotización, sin la reducción a dos terceras partes.
• Desde el día siguiente al accidente, o desde el día siguiente al inicio de la incapacidad por una enfermedad diagnosticada como laboral.
• Hasta 180 días, prorrogables por otros 180 si el tratamiento o la rehabilitación lo requieren.

Ejemplo: con un ingreso base de cotización de COP 3.000.000, una incapacidad laboral de 5 días le cuesta a la ARL COP 500.000 (100.000 × 5). Si en el mismo periodo coinciden una incapacidad común y una laboral, el Decreto 1427 dice que se reconoce una sola prestación: la que dé mayor beneficio.

Situaciones que generan dudas en nómina

• Incapacidad durante vacaciones. Las vacaciones se interrumpen y se reanudan al día siguiente del fin de la incapacidad (art. 2.2.3.3.8). Debes correr la fecha de regreso.
• Incapacidades seguidas. Si hay dos o más simultáneas, se cuentan como una sola, desde el primer día de la primera hasta el último de la más larga (art. 2.2.3.3.7). Las prórrogas por el mismo diagnóstico suman al conteo de días, lo que importa para saber cuándo se pasa del día 90 al 91 o del 180 al 181.
• Certificados retroactivos. El decreto prohíbe expedir certificados por eventos pasados salvo excepciones puntuales (art. 2.2.3.3.4). Un certificado fechado una semana antes de la consulta es una alerta.
• Abuso del derecho. El Decreto 1427 permite a la EPS suspender el pago si el cotizante no sigue el tratamiento o no asiste a controles; el empleador debe informar a la EPS, con pruebas documentales, cuando detecte que la persona emprende durante la incapacidad una actividad alterna que le impide recuperarse (art. 2.2.3.7.1, numeral 8).
• Descanso dominical. El artículo 173 del Código dice que no tiene derecho a la remuneración del domingo quien recibe por ese mismo día un auxilio por enfermedad o accidente.

Para medir cuánto le cuestan a tu empresa estas ausencias, revisa cómo calcular el costo del ausentismo y la calculadora de costo de tardanzas y ausentismo. La forma de reportar cada día en la planilla está en la guía de ausentismo y PILA.

Cómo registrarlo en el control de asistencia

El error típico es que la incapacidad llegue por WhatsApp al jefe y nunca al área de nómina, y el sistema la cuente como falta injustificada. En Time Dalton cada día sin marcación genera una incidencia de falta; el supervisor la justifica con el motivo (por ejemplo, incapacidad de origen común del 3 al 7 de octubre) y queda en la bitácora, que no se edita. Así el reporte que exportas a Excel o por API separa las faltas justificadas de las injustificadas y tu equipo de nómina sabe qué días liquidar como auxilio y cuáles cobrar a la EPS.

Time Dalton no liquida la nómina colombiana ni presenta la PILA: entrega la asistencia aprobada para que tu sistema de nómina haga el cálculo. Si una incapacidad coincide con una licencia de maternidad o paternidad, aplica la regla del Decreto 1427: se paga solo la licencia, como explicamos en la nota de licencias de maternidad y paternidad.

Puedes ver cómo funciona en la página de control de asistencia en Colombia o probar la demo con una empresa de ejemplo.