Ausentismo y PILA en Colombia: cómo reportar cada novedad

Cada mes, el área de nómina recibe dos fuentes que deberían coincidir: lo que dice el control de asistencia y lo que se va a reportar en la PILA. Cuando no coinciden aparecen los problemas de siempre: una incapacidad pagada como día trabajado, una licencia no remunerada que nadie reportó o un retiro que se marcó tarde. La planilla no inventa nada; reporta lo que le entregas. Esta guía explica qué novedad corresponde a cada ausencia y qué debe registrar la asistencia para que la planilla salga bien.

¿Qué es la PILA y por qué depende de la asistencia?

La Planilla Integrada de Liquidación de Aportes es el mecanismo para autoliquidar y pagar en un solo trámite los aportes a salud, pensión, riesgos laborales, caja de compensación, SENA e ICBF. Sus reglas están unificadas en la Resolución 2388 de 2016 del Ministerio de Salud, que trae un anexo técnico con cada campo, y que ha tenido varias modificaciones desde entonces.

Por cada cotizante, la planilla lleva el número de días cotizados a cada subsistema (pensión, salud, riesgos laborales y caja) y un conjunto de casillas de novedades que se marcan con una X cuando ocurrieron en el periodo. Esos días y esas casillas salen, en la práctica, del registro de asistencia: si el sistema no distingue un día de incapacidad de uno de vacaciones, la planilla tampoco podrá hacerlo.

Además, la Ley 2466 de 2025 (art. 61) ordenó a los ministerios de Salud y de Trabajo ajustar la PILA para permitir pagos a tiempo parcial o concurrentes con varios contratantes, con un plazo de reglamentación de seis meses. Por confirmar: si ese ajuste ya se publicó y desde cuándo aplica; revísalo con tu operador de información.

Las novedades de ausencia, una por una

La Resolución 2388 define estas novedades, entre otras:

Dos detalles suelen fallar. El primero: la casilla de vacaciones y licencias remuneradas acepta dos valores distintos, X para vacaciones y L para licencia remunerada, así que no basta con decir "ausencia pagada". El segundo: la incapacidad laboral se reporta como IRP, no como IGE, aunque la persona haya llegado con un certificado de su EPS; el origen lo determina el caso, no el papel.

Las horas extra también son novedad

Las horas extra, los recargos y las comisiones hacen que el ingreso del mes varíe. Por eso se reportan como variación transitoria de salario (VST). Si el control de asistencia aprueba las horas extra después del cierre, la planilla sale con un ingreso base menor al real.

Ejemplo: un mes con varias ausencias

Imagina a una analista con salario de COP 2.400.000 que en octubre tiene:

• 3 días de incapacidad por enfermedad general.
• 2 días de licencia no remunerada que pidió por escrito.
• 4 horas extra diurnas aprobadas.

En la planilla de ese mes deben quedar marcadas las novedades IGE, SLN y VST, con los días y el ingreso base distribuidos como lo indica el anexo técnico. El valor diario del salario es COP 80.000 (2.400.000 ÷ 30). Los dos días de licencia no remunerada no se pagan: COP 160.000 menos en el salario del mes. Además, el artículo 53 del Código Sustantivo del Trabajo permite descontar esos días de suspensión al liquidar vacaciones y cesantías. Los tres días de incapacidad se pagan como auxilio: los dos primeros los asume el empleador y el tercero lo reconoce la EPS (lo explicamos en quién paga cada día de incapacidad).

Cómo se calculan los días cotizados y la tarifa de cada subsistema en un mes con SLN depende del anexo técnico vigente; no lo calcules a mano y consulta con tu operador de información o tu asesor laboral.

¿Y las faltas injustificadas?

No existe una novedad de PILA llamada "falta injustificada". Lo que pasa con ese día depende de lo que haga el empleador:

• Si descuenta el día, el salario del mes baja. El artículo 113 del Código permite además no pagar el tiempo no trabajado cuando hay retrasos o faltas sin excusa.
• Si lo formaliza como suspensión disciplinaria después de un proceso con debido proceso, la suspensión es una de las causales del artículo 51 y se reporta como SLN.
• El domingo siguiente también se afecta: el artículo 173 dice que el descanso dominical se remunera a quien no falta en la semana o falta por justa causa.

Antes de descontar, el día tiene que estar soportado: la marcación ausente, la incidencia y, si hubo explicación, la decisión del supervisor. La guía sobre proceso disciplinario por llegadas tarde explica qué pasos exige ahora la ley.

Lo que la asistencia debe entregar a la planilla

Una lista práctica para el cierre de cada mes:

1. Faltas con motivo. Cada ausencia debe quedar clasificada: incapacidad común, incapacidad laboral, licencia de maternidad o paternidad, vacaciones, licencia remunerada (luto, calamidad, citas médicas), licencia no remunerada, suspensión o falta injustificada. Las licencias que obliga la ley están en licencias remuneradas obligatorias.
2. Fechas exactas de inicio y fin. Las novedades se reportan por periodo; una incapacidad del 29 de octubre al 4 de noviembre cruza dos planillas.
3. Soportes. Certificado de incapacidad, registro civil para la licencia de paternidad, solicitud escrita para la licencia no remunerada.
4. Horas extra aprobadas antes del cierre, separadas en diurnas y nocturnas.
5. Ingresos y retiros con la fecha real, no la de la firma del contrato.

Si quieres poner en pesos el efecto de estas ausencias, usa la calculadora de costo de tardanzas y ausentismo y la guía de cómo calcular el costo del ausentismo.

Cómo ayuda un sistema de control de asistencia

En Time Dalton cada día sin marcación se convierte en una incidencia de falta, y el supervisor la justifica total o parcialmente con su motivo, o la deja como no justificada. Las tardanzas, las salidas anticipadas y los descansos excedidos también quedan como incidencias, con sus minutos. Las horas extra se aprueban con tope y segunda firma, y todo queda en una bitácora que no se edita. Al cierre exportas el reporte a Excel o lo lees por API desde tu sistema de nómina.

Time Dalton no genera la PILA ni liquida la nómina colombiana: entrega la asistencia ordenada para que tu software de nómina o tu operador de información arme la planilla. Puedes revisar la página de control de asistencia en Colombia o probar la demo con una empresa de ejemplo.