Incapacidad del IMSS: cómo afecta la asistencia, el pago y las cuotas
Publicado el Revisado el 6 min de lectura Por Equipo Time Dalton México
En resumen
Durante una incapacidad del IMSS el patrón no paga salario: la relación se suspende y el Instituto paga un subsidio. En enfermedad general es del 60 % del último salario de cotización desde el cuarto día; en riesgo de trabajo y en maternidad es del 100 %. Para la asistencia, esos días no son faltas y conviene registrarlos aparte.
Cuando un colaborador entrega una incapacidad del IMSS, en la oficina de nómina surgen siempre las mismas preguntas: ¿le pago estos días?, ¿cuántos paga el Seguro?, ¿sigo enterando cuotas?, ¿cómo lo marco en la asistencia para que no aparezca como falta? Las respuestas están repartidas entre la Ley Federal del Trabajo (LFT) y la Ley del Seguro Social (LSS), y dependen del tipo de incapacidad.
Qué pasa con la relación laboral durante la incapacidad
El artículo 42 de la LFT dice que la incapacidad temporal por un accidente o enfermedad que no sea riesgo de trabajo es causa de suspensión de las obligaciones de prestar el servicio y de pagar el salario, sin responsabilidad para nadie. El artículo 43 precisa que la suspensión corre desde que se produce la incapacidad hasta que termina el periodo fijado por el IMSS.
En la práctica, durante esos días:
- la persona no trabaja y el patrón no paga salario;
- quien paga es el IMSS, mediante un subsidio;
- la relación sigue viva: no hay baja, la antigüedad corre y el puesto se conserva.
Por eso una incapacidad no es una falta. Si la registras como falta injustificada, contaminas los indicadores de ausentismo y, peor, podrías terminar usándola para una rescisión por el artículo 47, fracción X, que sólo habla de faltas sin permiso o sin causa justificada.
Los tres tipos de incapacidad y quién paga cada día
| Tipo | Desde qué día paga el IMSS | Monto del subsidio | Fundamento |
|---|---|---|---|
| Enfermedad general | Cuarto día | 60 % del último salario diario de cotización | LSS arts. 96 y 98 |
| Riesgo de trabajo (accidente o enfermedad de trabajo) | Primer día | 100 % del salario de cotización | LSS art. 58, fr. I; LFT art. 491 |
| Maternidad | Durante el periodo pre y posnatal | 100 % del último salario diario de cotización | LSS art. 101 |
Algunos detalles que se olvidan:
- Enfermedad general: el subsidio dura mientras dure la incapacidad, hasta 52 semanas, prorrogables 26 más con dictamen del IMSS (art. 96). Para cobrarlo, la persona debe tener al menos cuatro cotizaciones semanales inmediatamente anteriores; los eventuales, seis cotizaciones en los últimos cuatro meses (art. 97).
- Riesgo de trabajo: el accidente de trayecto, de la casa al trabajo o de regreso, también cuenta (art. 42 LSS y art. 474 LFT).
- Maternidad: si la trabajadora no tiene 30 cotizaciones semanales en los 12 meses anteriores, el salario íntegro de esas semanas lo paga el patrón (arts. 102 y 103 LSS). Lo vemos con más detalle en la nota sobre maternidad, paternidad y lactancia.
¿Y los tres primeros días de enfermedad general?
La ley no obliga al patrón a pagarlos. Muchas empresas los cubren por contrato colectivo o como prestación, a veces con tope de veces al año. Si decides pagarlos, ponlo por escrito y aplícalo igual a todos; si no, comunícalo para evitar sorpresas en el recibo.
Ejemplo en pesos
Supón un colaborador con salario diario de cotización de $520.
Enfermedad general, incapacidad de 7 días:
| Días | Quién paga | Monto |
|---|---|---|
| 1 a 3 | Nadie (salvo prestación) | $0 |
| 4 a 7 | IMSS, 60 % | 4 × $312 = $1,248 |
Accidente de trabajo, incapacidad de 7 días:
| Días | Quién paga | Monto |
|---|---|---|
| 1 a 7 | IMSS, 100 % | 7 × $520 = $3,640 |
En los dos casos, la nómina de la empresa no paga esos 7 días. Lo que sí tienes que cuidar es que el sistema de nómina reciba el dato correcto: días de incapacidad, tipo y folio, separados de las faltas.
Cuotas al IMSS durante la incapacidad
El artículo 31 de la LSS distingue dos situaciones cuando no se pagan salarios pero la relación sigue:
- Incapacidades expedidas por el IMSS (fracción IV): no es obligatorio cubrir las cuotas obrero patronales, excepto las del ramo de retiro.
- Ausencias sin goce de sueldo (fracción I): si son menores de ocho días, consecutivos o no, se cotiza sólo en el seguro de enfermedades y maternidad; si son de ocho días consecutivos o más, el patrón queda liberado de cuotas siempre que presente el aviso de baja que prevé el artículo 37.
La diferencia práctica: una incapacidad mal capturada como falta te hace pagar o ajustar cuotas de forma distinta. Por eso el registro de asistencia y el de incidencias tienen que hablar el mismo idioma que el SUA o el sistema que uses para el IMSS. El detalle de la determinación de cuotas lo debe revisar tu contador.
Efectos en vacaciones, aguinaldo y PTU
- PTU: la LFT es explícita en dos casos. El artículo 127, fracción IV, considera en servicio activo a las madres durante los periodos pre y posnatales y a quienes sufren un riesgo de trabajo durante la incapacidad temporal. Esos días cuentan como trabajados para el reparto. Sobre la incapacidad por enfermedad general la ley no dice nada expreso, y los criterios varían; consulta con tu asesor laboral. Lo explicamos en PTU y días trabajados.
- Aguinaldo: el artículo 87 habla de la parte proporcional al tiempo trabajado. Cómo tratar los días de incapacidad en ese cálculo tiene criterios encontrados; lo revisamos en la nota sobre aguinaldo, faltas e incapacidades.
- Vacaciones: la incapacidad no interrumpe la antigüedad, así que el derecho a vacaciones sigue creciendo. La tabla de días está en vacaciones dignas en México.
Cómo registrar una incapacidad en la asistencia
Un buen proceso tiene cuatro pasos:
- Aviso inmediato. El artículo 134, fracción V, de la LFT pide al trabajador avisar al patrón las causas justificadas que le impidan concurrir. Define en tu política por qué medio y en qué plazo.
- Comprobante. Pide el folio del certificado de incapacidad y, en tu sistema, adjúntalo o anota el folio, el tipo (enfermedad general, riesgo de trabajo o maternidad) y las fechas.
- Incidencia, no falta. Registra los días como incapacidad para que el reloj checador no los marque como inasistencia.
- Regreso. El día de alta, la persona vuelve a su turno; si se presenta antes de que termine la incapacidad, no la pongas a trabajar sin el alta correspondiente.
Con un reloj checador como Time Dalton, el sistema detecta las faltas contra el turno asignado, y desde el panel registras la ausencia justificada con su motivo para que no se cuente como falta. Las marcaciones no se editan: si algo se registró mal, se anula con motivo y queda en la bitácora. Al cierre exportas la asistencia aprobada a Excel o por API a tu sistema de nómina, que es donde se calcula el subsidio y las cuotas; Time Dalton no calcula nómina mexicana ni emite CFDI.
Si quieres medir cuánto te cuestan hoy las ausencias, separa las incapacidades de las faltas y usa la calculadora del costo de tardanzas y ausentismo, junto con la guía para calcular el costo del ausentismo. Y para ver cómo queda registrada una ausencia justificada en el panel, prueba la demo.
Preguntas frecuentes
¿Quién paga los tres primeros días de una incapacidad por enfermedad general?
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Nadie, por ley. El subsidio del IMSS empieza el cuarto día (artículo 96 de la LSS) y el patrón no está obligado a pagar esos tres días, salvo que lo prevea el contrato colectivo o una política interna.
¿Cuánto paga el IMSS durante una incapacidad?
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El 60 % del último salario diario de cotización en enfermedad general, y el 100 % en riesgo de trabajo y en maternidad, según los artículos 98, 58 y 101 de la Ley del Seguro Social.
¿Se pagan cuotas al IMSS durante una incapacidad?
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No es obligatorio cubrir las cuotas obrero patronales en ausencias amparadas por incapacidad del IMSS, excepto las del ramo de retiro (artículo 31, fracción IV, de la LSS).
¿Una incapacidad cuenta como falta?
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No. Es una causa de suspensión de la relación de trabajo (artículo 42 de la LFT), no una falta injustificada, así que no puede sumarse para la rescisión del artículo 47, fracción X.
Fuentes oficiales
- Ley del Seguro Social (Cámara de Diputados, última reforma DOF 15-01-2026)
- Ley Federal del Trabajo (Cámara de Diputados, última reforma DOF 14-05-2026)
Revisado el 08/10/2026. Esta nota explica la norma de forma general; para un caso concreto, consulta con tu asesor laboral.
Para hacer la cuenta
- Calculadora de horas trabajadas · Entrada, salida y descanso de cada día; suma la semana en horas y minutos y en horas decimales.
- Convertidor de minutos a horas decimales · De 7 h 45 min a 7.75 h y de 7.75 h a 7 h 45 min, con la tabla de los 60 minutos.
- Reloj checador para empresas en México · zonas horarias, nómina y datos personales del país